1896년 칙령 제36호로 13도제(道制)로 개편되면서 충청남도가 충청북도와 분리되어, 1833년(추정) 충청관찰사 조병헌이 지금의 공주사대부고 자리에 지은 감영(監營)건물 선화당(宣化堂)에서 개청하였다.

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  충남관찰부 정문(금남루) 1910년대

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  충남관찰부 정문(포정사) 1900년대

13도제를 실시하면서 공주에 있던 충청감영은 곧바로 37개의 군을 관할하는 충남관찰부(충남도청)로, 공주목은 공주군(부)으로 전환되었다.

17세기부터 제민천을 경계로 공주의 주산이 봉황산 밑(공주사대부고 자리)에는 충청감영이, 중앙(앵산)공원 밑(의료원 및 중동초등학교 부근)에는 공주목이 자리잡았다.

공주는 조선왕조시기에 감영 소재지였을 뿐만 아니라 호서와 호남을 잇는 교통과 상업의 중심지였다. 구한말까지는 금강수계(군산, 강경, 공주, 부강)가 번성하여 다른 지역보다 도시발전 속도가 매우 빨랐다. 충남도청은 X자형 종관철도망(1904년 경부선, 1914년 호남선 개통)이 대전을 중심으로 건설되면서 1932년 10월 대전으로 옮겨졌다.